Yo no se bien a que te refieres. ¿Unidades didácticas que haya que entregar al tribunal?¿ La parte que hable de las unidades en la programación?? ¿Anexos donde tú desarrollas las unidades? Es que todo depende de eso.
Si en tu comunidad hay que entregarlas al tribunal, pues las encuadernaría separadas.
Si es la parte de las unidades en la programación, evidentemente, juntísimas con la programación, son parte de ella.
Si son anexos que has querido poner con las unidades desarrolladas, para gustos los colores, juntas o separadas, mi opinión es juntas, pero he visto de las dos maneras.
No sé muy bien si te refieres a alguno de esos casos.