Yo los entrego separados, también porque tengo 250 páginas de anexo, pero bueno.
De todas formas, pienso que es mejor separado, porque la convocatoria exige una programación de 60 páginas. Por lo tanto, el tribunal puede echarte para atrás lo que entregues, si ve que hay más de 60 folios.
Y como los anexos no son obligados, si aun a malas dicen que no los quieren, no te toca arrancarlos...
En fin, cada uno como más le guste!